Еще в XIII веке Благоверный князь Роман Брянский в знак благодарности за чудесное исцеление от слепоты, полученное им от Свенской иконы Божией Матери, подарил земли, на которых в настоящее время находятся села Елисеевичи, Меркульево, Титовка и Староселье, основанному им Свенскому Успенскому монастырю.
На средства монастыря здесь был построен большой деревянный храм во имя Святых мучеников Флора и Лавра, для совершений богослужений был прислан иеромонах Елисей, от имени которого село и получило свое название. В годы правления Екатерины II приход села Елисеевичи стал самостоятельным.
Впрочем, по мнению современных исследователей, церковь, существовавшая до построения каменного храма, была не во имя Флора и Лавра, а во имя Николая Чудотворца и не раз перестраивалась. Так, в 1715 г. «по челобитию села Елисеевич Никольских попов Стефана с товарищи велено им… в селе Елисеевичах новопостроенную церковь во имя Николая Чудотворца освятить Новопечерского Свенского монастыря наместнику иеромонаху Модесту».
Первые достоверные сведения о селе Елисеевичи содержатся в писцовых книгах о вотчинах Свенского монастыря 1595 г. В это время в селе было пять дворов церковнослужителей, две келии, в них жили четыре «старицы, черноризицы», четыре келии, в которых жили нищие, один двор монастырский.
Когда к началу 1840-х гг. прежняя деревянная церковь обветшала и стал вопрос о ее закрытии, крестьянами села решено было построить новый, каменный храм. Инициатором этого выступил елисеевский крестьянин Василий Агапеев, который и стал строителем нового храма, открывшегося в 1843 г.
При храме было построено здание Церковно-приходской школы, которая открылась в 1899 г., а в 1905 г. в ней обучалось 42 ученика.
Точных сведений о времени закрытия храма нет. Известно лишь, что в 1930 году был арестован и приговорен к трем годам ссылки священник храма Ипполит Алексеевич Осипов.
В настоящее время здание храма возвращено Брянской Епархии.
Начаты восстановительные работы.
Источник: Брянская епархия